云南湄公河集团有限公司前身是云南金孔雀旅游集团有限公司，是全国最大的管道制造企业——金洲集团有限公司的子公司，负责金洲集团有限公司在云南省内项目的投资和经营。

1995年，金洲集团积极响应团中央关于支持“老、少、边、穷”地区发展的号召，作为东部地区浙江省支持西部地区云南省发展的第一个旅游项目，率先投资8600万元保护性开发西双版纳原始森林公园。2002年，金洲集团在西双版纳原始森林公园的基础上正式创建云南金孔雀旅游集团有限公司，坚持“保护原始森林、爱护野生动物、传承少数民族文化”的宗旨，进一步投资发展了中国唯一的亚洲象栖息地——西双版纳野象谷景区、中缅第一寨——西双版纳勐景来、中国第56个民族基诺族的文化发源地——西双版纳基诺山寨，创建了中国西南地区最大的野生动物园——云南野生动物园，成立“澜沧江—湄公河”黄金旅游线上的第一家国际旅游客运公司——西双版纳金三角旅游航运公司、西双版纳最大的旅游公司——西双版纳湄公河国际旅行社有限公司，合作经营西双版纳热带花卉园、西双版纳打洛森林公园，致力于云南省旅游业，特别是西双版纳旅游业的发展。

为积极响应云南省旅游产业“二次创业、转型升级、再创辉煌”的发展战略，2009年9月1日正式与云南省旅游投资有限公司进行合作，将云南金孔雀旅游集团有限公司旗下的西双版纳原始森林公园有限公司、西双版纳野象谷景区有限公司、西双版纳基诺山寨景区有限公司、西双版纳勐景来景区有限公司交由云南省旅游投资有限公司（云南省投资控股集团有限公司的子公司）控股经营。金洲集团有限公司重组旗下资源正式成立了云南湄公河集团有限公司，并成为了西双版纳最大旅游企业云南金孔雀旅游集团有限公司的第二大股东。

2010年5月，金洲集团有限公司与普洱市人民政府签定了《金洲集团普洱旅游项目合作框架协议》，云南湄公河集团有限公司确定在普洱市打造普洱太阳河国家公园、普洱茶马古道、普洱茶马古镇、墨江北回归线标志园、普洱夜间大型演艺项目等，并先后成立了湄公河旅游有限公司、普洱国家公园旅游有限公司、普洱茶马古道旅游有限公司、云南茶马古道国际旅行社有限公司、普洱贡茶院有限公司、墨江北回归线旅游有限公司、普洱茶马古城发展有限公司，努力把普洱市发展成为世界级旅游目的地和旅游胜地，将思茅区建成云南面向东南亚、南亚的国际旅游集散中心，目前各项目正在快速、稳健地推进过程中。 

“十二五”期间，云南湄公河集团有限公司按照云南省打造“中国面向东南亚、南亚对外开放桥头堡”的发展战略，进一步明确了“昆曼大通道”的发展战略，以昆曼大通道为主线（昆明为枢纽，普洱为中心，西双版纳为纽带），以云南滇西南和中南半岛旅游产业发展为核心，以云南湄公河生物科技有限公司“傣药南药现代科技产业园”为重要项目，积极参与中国与东盟自由贸易区旅游业的合作，至力以“为人类的快乐生活而努力”的企业精神和“人品开创事业、精品开拓市场”的经营理念，努力实现旅游产业的转型升级。